Eirunepé tem uma origem profundamente ligada ao Ciclo da Borracha, movimento que transformou o interior do Amazonas no século XIX. A localidade surgiu a partir de um seringal chamado Eiru, de propriedade do seringalista Filipe Manuel da Cunha, que atraiu trabalhadores para as margens do rio Juruá. O nome do município carrega uma dupla herança: Eiru, de origem indígena tupi, e uma referência direta ao próprio seringal que deu origem ao povoamento.

Ao longo do século XIX, o núcleo foi se consolidando demograficamente. Fugindo da Grande Seca de 1877–1878, cearenses, rio-grandenses do norte e paraibanos chegaram à região do Juruá e fixaram residência nos seringais, formando as primeiras vilas. A cidade nasceu oficialmente como São Filipe do Rio Juruá, em 1894, estabelecendo as bases do que viria a ser o município.

A consolidação administrativa passou por diversas fases. Em 1930, a vila foi renomeada para João Pessoa, seguida pelo Ato n.º 317 de 5 de março de 1931. Pela Lei n.º 14, de 6 de setembro de 1935, a vila foi elevada à categoria de cidade, instalada sob a gestão do prefeito João Pinto Conrado Gomes.

A criação oficial do nome que conhecemos hoje ocorreu em 31 de dezembro de 1943, pelo Decreto-Lei Estadual n.º 1.186, quando o município e o distrito sede passaram definitivamente a denominar-se Eirunepé. Desde então, o território consolidou-se como polo regional do Alto Juruá, com papel estratégico no comércio, na produção extrativista e, mais recentemente, na agricultura e pecuária.

Com o passar do tempo, Eirunepé desenvolveu uma identidade cultural própria, forjada pela miscigenação entre os nordestinos migrantes e os povos indígenas Kulinaã da região, com influências também de portugueses, turcos e espanhóis. Até hoje, o município preserva essa herança histórica diversa, sendo reconhecido como a “Capital do Juruá”.